Dans les sites Natura 2000, les agriculteurs peuvent aussi bénéficier d’aides de l’Europe et de l’État pour les actions en faveur de l’environnement. Les « mesures agri-environnementales et climatiques » visent à encourager les bonnes pratiques pour la biodiversité (pâturage extensif, maintien de milieux ouverts et des prairies de fauche riches en biodiversité, réduction de l’usage des herbicides…).